几内亚比绍气候因地区而异。沿海地区为热带海洋性季风气候，内陆则为典型的热带草原气候。由于受到撒哈拉大沙漠和南大西洋气候群来回移动的影响，全年分为旱雨两季，每年5月至10月为雨季，高温潮湿；11 月至5月为旱季，干燥少雨。年均气温为27摄氏度，日最高气温39摄氏度，最低气温12摄氏度。年均降雨量从北往南为1500-3000毫米不等。